Една година по воспоставувањето на дипломатските односни, во Скопје, на 4 октомври 1993 година во просториите на „Загребскиот велесаем“ се конституира Иницијативниот одбор на МХД, во присуство на проф. д-р Александар Апостолов, Драги Арсов, Марија Дамјановска, Ристо Спасески, Борис Трајковски, Михајло Георгиевски и Слободан Кусевски. Одлучено е амблемот на друштвото да ги содржи ликовите на преродбените на македонскиот и хрватскиот народ Константин Миладинов и Јосип Јурај Штросмаер.
Основачкото собрание е одржано на 22 октомври 1993 година во една од салите на „Скопскиот саем“. На собранието пристустваа околу 150 граѓани, од кои голем број научни и културни работници За прв претседател на МХД е избран проф. д-р Александар Апостолов.
Според одлуката за основање, основачи на МХД се: Александар Апостолов, Михајло Георгиевски, Димитар Ѓурчилов, Љупчо Павловски, Борис Трајковски, Драги Арсов, Ристо Спасески, Марија Дамјановска, Слободан Кусевски, Александар Христовски, Тодор Богданов, Зоран Тодоровски и Спиро Георгиев.